Do zadań Wydziału Kontroli Wewnętrznej należy:

1. Opracowywanie rocznych planów pracy na podstawie wyników wcześniejszych kontroli, wpływających do tut. Urzędu skarg i wniosków, propozycji przedstawionych przez dyrektorów komórek organizacyjnych Urzędu.
2. Prowadzenie kontroli finansowych i organizacyjno – prawnych na podstawie Zarządzenia Nr 10/2010 Burmistrza Miasta Chojnice z dnia 02.02.2010 r., mających na celu pomoc kierownictwu w doskonaleniu metod zarządzania jednostkami kontrolowanymi poprzez ustalanie i eliminowanie w toku kontroli nieprawidłowości w tych jednostkach oraz nadzorowanie realizacji wydanych zaleceń pokontrolnych.
3. Weryfikacja wywiązania się z umów zawartych z tut. Urzędem przez organizacje pozarządowe na wykonanie zadań pod względem finansowym.
4. Przeprowadzanie postępowań wyjaśniających w sprawach mniejszej wagi lub w sprawach charakteryzujących się nieskomplikowanym stanem faktycznym i prawnym, nie wymagających skontrolowania całości pracy kontrolowanej jednostki.
5. Dokumentowanie przebiegu i wyników czynności kontrolnych poprzez zakładanie i prowadzenie akt kontroli.
6. Sporządzanie protokołów z przeprowadzonych kontroli.
7. Przeprowadzanie narad pokontrolnych w celu omówienia stwierdzonych nieprawidłowości i wniosków, jakie wynikają z ustaleń kontroli.
8. Przygotowywanie projektów wystąpień pokontrolnych sporządzonych w oparciu o ustalenia zawarte w protokole kontroli.
9. Przeprowadzanie kontroli realizacji zaleceń pokontrolnych.
10. W przypadku ujawnienia w trakcie prowadzonych czynności kontrolnych czynów noszących znamiona naruszenia dyscypliny finansów publicznych w rozumieniu obowiązujących przepisów w tym zakresie, przygotowanie zawiadomienia do Rzecznika Dyscypliny Finansów Publicznych o ujawnionych okolicznościach wskazujących na naruszenie dyscypliny finansów publicznych.
11. Wydawanie decyzji administracyjnych związanych z rozliczeniem dotacji
12. Sporządzanie półrocznych i rocznych informacji o przebiegu i efektach kontroli, w terminie do 31 lipca za okres I półrocza oraz w terminie do 31 stycznia za rok poprzedni.